근로자의 이중소득시 신고문의.

저희 회사 직원이 다른 곳에서 개인사업자로 직위는 대표자인데 이럴 경우 이중소득이 발생하면 연말정산시 저희 회사에서 회계처리상 별도의 조치가 필요한가요?
아니면 직원 본인이 종합소득세 신고시 알아서 추가로 신고하는 건가요?